Quand le Père Girard mourut le 6 mars 1850, son monastère n'était pas formellement supprimé même s'il était voué à disparaître. Cela explique en partie pourquoi, après la mort du père Girard, une partie des documents est devenu la propriété de son élève Alexandre Daguet et d'autres particuliers. Quelques souvenirs ont été également partagés dans le cercle familial A l'exception des documents restés dans son monastère, aucun dossier n'a rejoint alors le domaine public. Avant sa mort, Girard fit don de ses nombreux livres à la bibliothèque de la Société économique. Des manuscrits, seul le manuscrit de son " Cours éducatif de la langue maternelle " (B-56) a été intégré aux collections de la Bibliothèque cantonale nouvellement fondée, où elle a été répertoriée dans le catalogue de 1852/55 sous la cote L 96. Plus tard, Léon Genoud a apparemment arraché à son tour le manuscrit à la Bibliothèque pour son musée. Selon le répertoire de Ferdinand Rüegg (L 1856), le manuscrit a été conservé dans une boîte noire décorée de marqueterie qui, elle, n'existe plus. Léon Genoud, l'un des fondateurs du " Musée pédagogique " en 1884, puis son directeur, dirigea, à côté de la constitution des différentes collections, son attention surtout sur le père Girard, qu'il voulait honorer par une section spéciale destinée à présenter les manuscrits, les œuvres et souvenirs du grand pédagogue fribourgeois. Son projet se réalisa en 1905 quand une vitrine dédiée à Girard fut inaugurée dans les nouvelles salles à l'Hôtel des Postes. À cette époque, l'essentiel des documents et souvenirs réunis par Genoud provenaient en partie de la succession d'Alexandre Daguet, de la famille Girard et d'autres sources. Le sort des documents Girard n'est compréhensible que dans les grandes lignes. En tout cas, la bibliothèque et une partie des collections du Musée pédagogique furent déplacés dans le grenier de la Bibliothèque cantonale et universitaire dans les années 1920. On s'occupa à nouveau des papiers de Girard dans le cadre des préparatifs du centenaire de la mort du père Girard (1950). Eugen Egger a donné pour la première fois un aperçu des sources existantes dans l'appendice de son travail sur Girard (1947). À la BCU, Ferdinand Rüegg classa chronologiquement la vaste correspondance et la consigna dans un inventaire manuscrit (L 1856). Le bibliothécaire Florent Monteleone conserva ces mêmes dossiers (LE 23) dans des chemises et le reste du matériel dans des boîtes. Diverses pièces des papiers Girard avaient été classées auparavant dans la série principale des manuscrits (L 214, L 884, L 885) où elles ont été insérées au cours des années alors que des centaines de pièces uniques provenant de fonds non traités de diverses provenances étaient inventoriés (L 1492, L 1504, L 1829, L 1856, LE 41). De 1996 à 1998, la Fondation du Père Girard, créée en 1990, confia au Dr Paul Birbaum la tâche de répertorier les différents fonds d'archives à Fribourg et de les inventorier. Les titres des dossiers sont restés pour l'essentiel inchangés. Seule la structure de l'inventaire a été simplifiée pour faciliter aux futurs chercheurs l'accès aux pièces et, dans le même temps, permettre une conservation plus sûre et transparente. Pour des raisons de conservation, des compromis ont dû être conclus en tenant compte de l'histoire et du fonds (Grands formats). Ont ainsi été exclus les documents déjà intégrés dans la série L. et la copie de " Elementa Philosophiae " (B15 = SOC. LECT R 562 / 563) a été laissée là où elle était. Pendant le travail d'inventorisation (ce qui a déjà été suggéré), il s'est avéré que les dossiers répertoriés en 1947 par Egger et peu de temps après par Rüegg, ne sont pas restés complets. Certains autographes de Girard mentionnés sont introuvables aujourd'hui. Cela concerne en particulier un certain nombre de rapports (Girard 1815-1817) que Girard avait présentés devant la Société économique. Peut-être ont-ils été perdus entre 1970/75 pendant le déplacement des fonds lors de l'extension des bâtiments de la BCU